A mudança de flora é uma alteração ao longo do tempo da abundância relativa dentro de uma comunidade de plantas daninhas e pode ser definida como um fenômeno de mudança das espécies presentes no campo devido ao tratamento contínuo com um mesmo tipo de controle de plantas daninhas. Normalmente, esta mudança está associada aos manejos que são realizados frequentemente na área agrícola, podendo ser controles mecânicos ou, mais comumente, controle químico (aplicação de herbicidas). Assim, espécies raras em uma comunidade, cujo herbicida aplicado repetitivamente não apresenta boa eficácia, passam a ser dominantes com o passar dos anos, mudando a flora daninha. Em muitas situações a mudança de flora acontece devido ao uso repetitivo de doses baixas de um mesmo herbicida, selecionando assim espécies de plantas daninhas de difícil controle, que acabam se tornando populações dominantes na área. Estas populações não são resistentes aos herbicidas.
Já a resistência de plantas daninhas a herbicidas causa uma mudança na composição de biótipos dentro da população. Originalmente, indivíduos resistentes existem em baixas frequências dentro da população, no entanto, com a aplicação repetitiva do herbicida a proporção destes indivíduos aumenta, tornando a população resistente ao herbicida.
A resistência é, portanto, uma mudança na composição intraespecífica, por meio da seleção de biótipos resistentes, enquanto a mudança de flora é interespecífica, por meio da seleção de espécies tolerantes. Essa mudança na flora de plantas daninhas e o aumento de espécies resistentes gera um grande desafio para o manejo, sendo necessária a adoção de novas estratégias, tais como a diversificação no uso de herbicidas, rotação de culturas e adoção de práticas culturais de manejo. Além disso, é fundamental a implementação de uma comunicação eficiente e programas de educação para os produtores. Sendo assim, as estratégias de manejo visam mitigar e manejar populações de plantas daninhas resistentes a herbicidas.
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